Tiền thân của trường là Ecole de Médecine de l’Indochine (Trường Y khoa Đông Dương) do Pháp thành lập năm 1902. Trường đặt tại Hà Nội, do người Pháp thành lập năm 1902. Hiệu trưởng đầu tiên của trường là Alexandre Yersin. Cùng với các trường chuyên ngành đã được thành lập cùng thời kỳ đó, như Trường Dạy nghề Hà Nội (Ecole Professionelle de Hanoi) do Phòng Thương mại Hà Nội lập ra vào năm 1898, Trường Hậu bổ Hà Nội (Ecole d’Aministration de Hanoi) năm 1897, Trường Công chính (Ecole des Travaux Publics) năm 1902, đây là một trong những trường đào tạo theo lối giáo dục phương Tây đầu tiên ở Việt Nam.[1]
Năm 1906, Toàn quyền Đông Dương Paul Beau thành lập Viện Đại học Đông Dương, Trường Y khoa Đông Dương trở thành một trường thành viên của Viện Đại học Đông Dương và vẫn tiếp tục đào tạo sau khi viện đại học này tạm ngừng hoạt động từ năm 1908.
Xem thêm: Các khách sạn giá rẻ tại Hà Nội
Năm 1913, Toàn quyền Albert Sarraut ký nghị định thành lập Trường Y khoa và Dược khoa Đông Dương trên cơ sở Trường Y khoa cũ.
Cho tới năm 1914, trường đã đào tạo được 237 y sĩ, y tá và nữ hộ sinh.
Trường Y khoa từng đặt tại đường Lê Thánh Tông, và đằng sau trường là bệnh viện thực nghiệm nay mang tên Bệnh viện 108. Năm 1945, Trường đổi tên thành Trường Đại học Y Việt Nam. Năm 1961, Trường Đại học Dược Hà Nội tách ra và lấy khuôn viên này, Trường Đại học Y Hà Nội chuyển đến số 1 đường Tôn Thất Tùng và ở đó cho đến nay, cạnh Bệnh viện Bạch Mai. Hiện tại, nó cũng có cơ quan nằm trong Bệnh viện Việt Đức.
Bệnh viện Đại học Y Hà Nội, cơ sở thực nghiệm của Trường Đại học Y Hà Nội, đã được đưa vào hoạt động năm 2007.
Viện Đái tháo đường và Rối loạn chuyển hoá, đây là viện quốc gia do Bộ Y tế thành lập theo quyết định 1368/QĐ-BYT ngày 27/4/2010. Viện có chức năng nghiên cứu khoa học, đào tạo, khám chữa bệnh, hợp tác quốc tế trong lĩnh vực phòng chống bệnh đái tháo đường và các bệnh rối loạn chuyển hoá.
